Josef Aregger sa narodil v roku 1947 v Luzerne, vo Švajčiarsku. Štúdium práva na Univerzite v Zürichu ukončil získaním právnického diplomu, je držiteľom advokátskeho oprávnenia.
V roku 1977 vstúpil do služieb Ministerstva zahraničných vecí a bol vyslaný na stáže do Bernu a do Nairobi. V roku 1979 pracoval ako diplomatický spolupracovník v Sekcii medzištátnych zmlúv na Riaditeľstve pre medzinárodné právo. V tom istom roku bol preložený vo funkcii konzula na Generálny konzulát v New Yorku. V rokoch 1984-85 pracoval ako tajomník na Švajčiarskom veľvyslanectve v Bonne.
Po návrate do ústredia v Berne sa stal v roku 1988 zástupcom vedúceho Politického sekretariátu. V roku 1991 bol preložený do Varšavy a v roku 1995 na Švajčiarsku misiu pri Európskom spoločenstve v Bruseli. V roku 1998 sa stal prvým spolupracovníkom vedúcej Švajčiarskej delegácie pri OBSE vo Viedni.
V roku 2002 sa vrátil do Bernu; pracoval ako diplomatický poradca a zástupca vedúceho II. politického oddelenia (Amerika) na Politickom riaditeľstve Ministerstva zahraničných vecí.
V januári 2005 bol vymenovaný za mimoriadneho a splnomocneného veľvyslanca v Bratislave.
Josef Aregger je ženatý a otec 3 detí (narod. 1987, 1988 a 1991).